در کودکان خردسال، در صورت بروز یک ناهنجاری هورمونی، درمان ممکن است شامل تزریق شود تستوسترونکه دوز و منظم بودن آن توسط متخصص غدد تعیین می شود. این درمان که به خوبی دنبال می شود، اندازه آلت تناسلی را افزایش می دهد. هنگامی که میکروپنیس توسط بافت های آلت تناسلی غیر حساس به تستوسترون ایجاد می شود، این درمان هورمونی هیچ تاثیری ندارد.

هرچه میکروپنیس زودتر تشخیص داده شود، درمان سریعتر انجام شود، موثرتر خواهد بود. درمان نیز ممکن است در دوران بلوغ ضروری باشد. پس از بلوغ، درمان هورمونی دیگر موثر نیست، زیرا بافت ها دیگر به یک شکل واکنش نشان نمی دهند.

درمان جراحی میکروپنیس     

در بزرگسالی، زمانی که میکروپنیس درمان نشده است یا زمانی که درمان به اندازه کافی موثر نبوده است، عمل جراحي ممکن است. با این حال، همیشه نتایج قانع کننده ای ارائه نمی دهد.

بخش رباط تعلیقی آلت تناسلی که از آلت تناسلی به ناحیه تناسلی می رود، ممکن است ارائه شود. آلت تناسلی را به هیچ وجه تغییر نمی دهد، اما تا حدی آن را از شرمگاه جدا می کند و باعث می شود طولانی تر به نظر برسد. افزایش مشاهده شده در حالت شل 1 تا 2 سانتی متر و در نعوظ 1,7 سانتی متر است. این افزایش طول به قیمت یک آلت تناسلی در حالت نعوظ ناپایدار به دست می آید، زیرا کمتر به ناحیه تناسلی چسبیده است، که می تواند نفوذ را آسان تر کند.

L'تزریق چربی اتولوگ شامل تزریق چربی سوژه در زیر پوست آلت تناسلی او است. این به هیچ وجه آلت تناسلی را طولانی نمی کند، اما از نظر بصری آن را ضخیم تر می کند. فقط بخشی از چربی در جای خود به مرور زمان جذب بدن نمی شود (بسته به موضوع 10 تا 50 درصد). تحلیل ممکن است ناهموار باشد و منجر به ظاهر آلت تناسلی "تسبیح" شود.

میکروپنیس می تواند عواقب روانی قابل توجهی داشته باشد، به ویژه در دوران نوجوانی، مهم است که به فرد کمک شود و شک و تردیدهای او در نظر گرفته شود.